日據時代，本校是位於風景秀麗的「碧侯潭」邊，學區包括現在的明利及萬榮兩村 的學生，校名為「達卡漢」（太魯閣語之明利村）番童教育所。民國三十四年日本撤退，族人紛紛再遷移，於是在現在的萬榮村成立了萬里國民學校，學區包含了現在的明利及萬榮兩村的學生，達卡漢番童教育所廢校。民國四十八年八月一日，在現址設立萬榮國民學校分班。四十九年八月一日設為分校，分校主任為鍾田學。五十年獨立成為明利國民小學，首任校長為林興騰先生。本校學區由三個部落組成，山上的明利社區、馬太鞍社區及下部落的明利社區，幅員廣大、地勢優美。學生98%為太魯閣族。
第一任校長 林興騰先生，於民國五十年八月一日到任。第二任校長 涂雲祥先生，於民國六十五年八月一日到任。第三任校長 陳天堯先生，於民國六十八年九月一日到任。第四任校長 劉肇雲先生，於民國七十一年九月一日到任。第五任校長 徐添光先生，於民國八十一年九月一日到任。第六任校長 戴國健先生，於民國八十四年二月二十五日到任。第七任校長 賴東明先生，於民國八十九年二月一日到任。代 理 校 長 張秀珍小姐，於民國九十五年二月一日代理。第八任校長 賴世豪先生，於民國九十五年八月一日到任。
第九任校長 許進明先生，於民國九十八年八月一日到任。現 任 校 長 熊湘屏小姐，於民國一百零四年八月一日到任。